腸道是人體最重要的免疫器官

「腸道是人體免疫發展最重要的器官；腸道細菌則是最佳訓練員！」腸道是人體最多微生物聚集的地方，每公克腸液裡至少有一兆隻微生物，包含了益生菌、中間菌，以及會致病的病原菌，形成腸道微菌叢。這些微菌叢與腸道免疫系統互相調節；免疫系統維持微菌叢的生態，避免病原菌的生長；微菌叢促進免疫系統的成熟。

腸道免疫與微菌叢的相互鍛鍊從出生起就不斷反覆進行，一旦訓練過程出錯，就會導致許多免疫及過敏性疾病，如氣喘是困擾許多兒童與父母的呼吸道過敏疾病，在近年研究中發現，若嬰兒期服用抗生素或環境因素，導致腸道細菌多樣性減少，會影響免疫系統成熟、增加得到氣喘的機會。所以老祖先說「不乾不淨，吃了沒病」似乎是有一些道理的。

腸道微菌叢是一個動態的平衡，受到遺傳、腸道免疫、環境、飲食、壓力等因素影響。在正常狀態下，微菌叢與腸道免疫系統互相調節，不會引發腸道發炎；但當微菌叢失去平衡－我們稱為生態失衡(dysbiosis)－就會引發一連串腸道發炎反應及全身性免疫失調。哪些因素會造成微菌叢生態失衡呢？

▶壞菌增加：如大腸桿菌感染，除了會造成急性腹瀉，也可能造成長期微菌叢失衡。
▶益菌減少：如過度使用抗生素，會殺死腸道益菌，增加壞菌生長機會。
▶腸道菌多樣性減少：多樣性的建立從嬰兒時期就開始，受到飲食及環境的影響，如高油低纖維飲食、攝取過多人工甜味劑及乳化劑等，都會減少腸道菌多樣性。